Oi @Fabiokgb,
Como foi indicado no tópico em inglês
a Let's Encrypt só verifica a correpondência entre o nome de domínio e a chave criptográfica, ou seja, quem registrou esse nome de domínio realmente usa tal chave criptográfica. Não pretende verificar o conteúdo dos sites, nem a legitimidade das empresas ou dos serviços anuncidos neles. O certificado emitido pela Let's Encrypt é certo ao afirmar que o atual proprietário do clikochegou.com.br usa uma determinada chave criptográfica, mesmo se, talvez, não deve ser o proprietário desse nome ou usá-lo para fins comerciais.
Além da reclamação com o Shopify, pode tentar também o procedimento SACI do registro.br:
É uma forma oficial de alegar que o uso de um nome de domínio brasileiro viole seus direitos, sobretudo os direitos de marca comercial. (A Let's Encrypt baseia suas decisões nos dados fornecidos pelos registros de domínio.)