En fait, c'est Google qui devrait nous informer explicitement de ce qui fait réagir ses algos. Là où se serait sensé apparaitre, c'est vierge. Quant à trouver la bonne porte chez qui frapper ... si elle existe ... 
pour leur demander des explications. Personne n'en a trouvé pour l'instant. C'est pourtant comme cela qu'on pourrait trouver une solution.
Jeedom affirme que son produit est propre et je le crois. Nous sommes une bonne dizaine touchés par ce problème sur quelque milliers d'utilisateurs Jeedom (du nombre duquel il doit y avoir des certificats Let's Encrypt et non concernés ... pour l'instant?). Et notre installation n'est pas différente de la leur. Je suis très très standard avec que des plugins officiels.
J'aurai essayé. Comme je dis à ma femme: "C'est sûr que si tu ne poses pas la question, tu ne risques pas d'avoir de réponse positive" 