Yo uso acme.sh pero nunca he usado nginx-proxy y mucho menos acme-companion así que no sé exactamente cómo funciona internamente.
No sé si acme-companion escribe el token directamente en el container de tu sitio /rutaquesea/.well-known/acme-challenge/aquielchallengeconeltoken o modifica nginx para crear un location y servir desde ahí el token necesario (así se ahorra tener que escribir directamente en el directorio donde esté alojado tu sitio), algo así:
location /.well-known/acme-challenge/asdfghjkl {
default_type "text/plain";
return 200 'asdfghjkl.123456789';
}
Con esto quiero decir que no sé si los cambios que hace acme-companion en la configuración de nginx-proxy son efímeros y sólo válidos mientras está creando o renovando el certificado o son permanentes. Si es lo primero lo que voy a contar puede no tener mucho sentido, si es lo segundo, parece que tu sitio está bloqueando a los clientes que no usan javascript o usa algún otro tipo de filtro porque:
1.- Si uso curl para intentar acceder a tu sitio sólo obtengo un error 403:
Nota: el dominio se te ha colado en tu primer post, lo he editado y ocultado en tu post así que por si acaso voy a seguir usando ejemplo.com en vez del dominio real.
$ curl -IkL http://ejemplo.com/.well-known/acme-challenge/test
HTTP/1.1 403 Forbidden
date: Sat, 23 Oct 2021 07:51:33 GMT
content-type: text/html; charset=iso-8859-1
server: Apache
x-iplb-request-id: C385D762:E53E_5CDE8B9C:0050_6173BF05_11F8:11AF6
x-iplb-instance: 32727
2.- Si uso un navegador convencional o uso phantomjs para simular un cliente con javascript no obtengo un error 403, obtengo el esperado error 404:
$ phantomjs ejemplo.com.js
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Siento no poder ser de más ayuda pero como he comentado, no he trabajado con esas herramientas y ahora mismo no puedo montar un entorno para simular tu configuración con nginx-proxy y acme-companion y hacer algunas pruebas.
No sé si esto puede darte una pista para saber dónde podría estar el problema, espero que sí.
Buena suerte,
sahsanu